Coomultrasan Multiactiva tiene una estructura organizacional de tipo vertical, en la cual la administración, vigilancia, control económico y social, están a cargo de: 

• La Asamblea General
• El Consejo de Administración
• La Revisoría Fiscal
• La Gerencia General
• La Junta de Vigilancia

Igualmente, está compuesta por las Unidades de Negocio y las Unidades de Apoyo, así:

Unidades de Negocio: 

• Programa de Hogar
• Programa de Materiales para Construcción
• Programa de Crediaportes
• Programa de Salud Complementaria
• Programa de IPS
• Programa de Educación

Unidades de Apoyo:

• Departamento Administrativo
• Departamento de Gestión Humana
• Departamento de Tesoreria
• Departamento de Contabilidad
• Departamento Jurídico y Cartera
• Departamento de Mercadeo y Publicidad
• Departamento Control Interno
• Departamento de Planeación
• Departamento de Servicios Generales
• Departamento de Organización y Métodos
• Departamento de Sistemas